Ngoài những nguy cơ liên quan đến việc sử dụng thuốc, cũng có nguy cơ cụ thể liên quan tới thủ thuật. Mặc dù nội soi ống cứng có thể làm rách đường dẫn khí hay tổn thương các dây thanh, nhưng các nguy cơ của nội soi phế quản khá hạn chế. Biến chứng từ nội soi ống mềm là cực kỳ thấp. Biến chứng phổ biến bao gồm chảy máu quá nhiều sau sinh thiết. Sinh thiết có thể gây tràn khí màng phổi với tỷ lệ ít hơn 1%. Co thắt thanh quản là một biến chứng hiếm, nhưng đôi khi có thể cần đặt nội khí quản. Bệnh nhân có khối u hoặc chảy máu nghiêm trọng có thể gặp khó thở sau khi nội soi, đôi khi phù nề niêm mạc của đường hô hấp.